മൈസൂര്‍ ഭരണ കാലത്ത് നികുതി പിരിക്കുവാനും ക്രമസമാധാന സംരക്ഷണം നിര്‍വഹിക്കുവാനും മലബാറില്‍ പലയിടത്തും മൂപ്പന്മാരെ നിശ്ചയിച്ചിരുന്നു. പാലക്കാട് ജില്ലയിലെ എളമ്പുലാശ്ശേരി അംശത്തിലെ ചോദ്യം ചെയ്യപ്പെടാത്ത നേതൃത്വം ഉണ്ണിമൂസക്കായിരുന്നു. ടിപ്പുവിന്റെ വിശ്വസ്തന്‍ എന്ന നിലയില്‍ ബ്രിട്ടീഷ് വിരുദ്ധ പോരാട്ടങ്ങളില്‍ മൈസൂര്‍ പക്ഷത്ത് ചേര്‍ന്ന് പടവെട്ടിയാണ് ഇദ്ദേഹം സായുധ സമരരംഗത്തേക്ക് കടന്നുവരുന്നത്.
കാടുകളിലും മലമ്പ്രദേശങ്ങളിലും സായുധ പോരാളികളെ സംഘടിപ്പിച്ച് പോരാട്ടത്തിന് തയ്യാറെടുക്കുന്നതിനിടയില്‍ പലതവണ തങ്ങളുടെ ആളായി കൂടെക്കൂട്ടുവാന്‍ ബ്രിട്ടീഷുകാര്‍ ശ്രമിച്ചു. എന്നാല്‍ യാതൊരു പ്രലോഭനങ്ങള്‍ക്കും വഴങ്ങാതെ വന്നപ്പോള്‍ അദ്ദേഹത്തിനെതിരെ പട്ടാള പ്രവര്‍ത്തനം നടത്താന്‍ തന്നെ തീരുമാനിക്കുകയായിരുന്നു. മലബാര്‍ കമ്മീഷണറായിരുന്ന മേജര്‍ ഡോയുടെ ആവശ്യപ്രകാരം 1792 ല്‍ ബ്രിട്ടീഷ് സേന മലബാറിലെത്തി. ഒരു ദിവസത്തെ ശക്തമായ യുദ്ധത്തിനൊടുവില്‍ പ്രധാനതാവളം നഷ്ടപ്പെട്ട ഉണ്ണിമൂസയും കൂട്ടരും മറ്റു സ്ഥലങ്ങളിലേക്ക് പിന്മാറി.
മൈസൂര്‍ നവാബുമാര്‍ ചെയ്തപോലെ ലഹളപ്രദേശങ്ങളില്‍ സായുധ പോരാളികളെ നല്‍കി മൂപ്പന്മാരെ നിശ്ചയിക്കാന്‍ ബ്രിട്ടീഷുകാര്‍ തയാറായി. എന്നാല്‍ ഇതംഗീകരിക്കാന്‍ ഉണ്ണിമൂസ ഒരുക്കമല്ലായിരുന്നു. ഇതോടെ സാമൂതിരിയുടെ 2000 നായര്‍പടയാളികളെയും ഉള്‍പ്പെടുത്തി മറ്റൊരു സേനാവിഭാഗം അദ്ദേഹത്തിനെതിരെ തിരിഞ്ഞു. അതെ സമയം രാജ്യദ്രോഹ കുറ്റം ചുമത്തി ബ്രിട്ടീഷുകാര്‍ കലാപകാരികളായി മുദ്രകുത്തിയ പാലക്കാട് ദേശത്തെ രാജവംശത്തില്‍പ്പെട്ട കുഞ്ഞി അച്ഛനെയും സാമൂതിരി രാജവംശത്തിലെ പടിഞ്ഞാറെ കോവിലകത്തെ രാജാവിനെയും കൂടെക്കൂട്ടി പടക്കളത്തിലിറങ്ങി.
മൂന്നൂപേരെയും പിടിച്ച് കൊടുക്കുന്നവര്‍ക്ക് 5000 രൂപ വീതം പാരിതോഷികം നല്‍കുമെന്ന് ബ്രിട്ടീഷുകാര്‍ പ്രഖ്യാപിച്ചു. ക്യാപ്റ്റന്‍ ബര്‍ച്ചലിന്റെ നേത്യത്വത്തിലുള്ള സൈന്യം കലാപകാരികളെ ശക്തമായി നേരിട്ടു. സംഘടിതമായ ചെറുത്തുനില്‍പ്പിനു ശേഷം പടിഞ്ഞാറെ കോവിലകം രാജാക്കന്മാര്‍ തിരുവിതാംകൂറിലേക്ക് അഭയം തേടി പോയി. കുഞ്ഞി അച്ഛന്‍ പാലക്കാട് കോട്ടയില്‍ ബ്രിട്ടീഷുകാര്‍ക്ക് കീഴടങ്ങി. പക്ഷേ, പോരാട്ട രംഗത്ത് ഉണ്ണിമൂസ ഉറച്ചുനിന്നു. ഇതിനിടയില്‍ എളംപുളാശേരി അംശവും 1000 ഉറുപ്പിക പെന്‍ഷനും വ്യവസ്ഥയില്‍ ഒത്തുതീര്‍പ്പിന് ബ്രിട്ടീഷ് അധികാരികള്‍ സമീപിച്ചെങ്കിലും അതിനും വശംവദനായില്ല.
ഇതോടെ ഉണ്ണിമൂസ മൂപ്പന്‍ വീണ്ടും രാജ്യദ്രോഹിയായി പ്രഖ്യാപിക്കപ്പെട്ടു. ക്യാപ്റ്റന്‍ മെഗ് ഡൊണാള്‍ഡിന്റെ നേതൃത്വത്തില്‍ സൈന്യം ശക്തമായ ആക്രമണം നടത്തി. പലന്തൂര്‍ മലയിലും മറ്റുമുണ്ടായിരുന്ന തന്റെ കോട്ടകളും കൊട്ടാരങ്ങളും തകര്‍ത്ത് തരിപ്പണമാക്കപ്പെട്ടു. കമ്പനി അധികാരികള്‍ക്ക് സമാധനമായി ഭരിക്കാന്‍ അനുവദിക്കരുത് എന്നതായിരുന്നു ഉണ്ണിമൂസയുടെ ലക്ഷ്യം. പൊറുതിമുട്ടിയ അധികൃതര്‍ ഉണ്ണിമൂസക്കും മാപ്പിളപ്പടക്കും മാപ്പ് നല്‍കി ഉത്തരവിറക്കി. എന്നാല്‍, ചെമ്പന്‍ പോക്കറിനെ കൂടെക്കൂട്ടി ഇതിനെ അവജ്ഞയോടെ തള്ളിക്കൊണ്ടുള്ള പ്രസ്താവനയും ഉണ്ണിമൂസ ഇറക്കി. നാട്ടുകാരെ കൂടെക്കൂട്ടി ഇവരെ കീഴടക്കണമെന്ന് കരുതിയ ബ്രിട്ടീഷുകാരുടെ നിഗമനം തെറ്റി. പാരിതോഷികങ്ങള്‍ പ്രഖ്യാപിക്കപ്പെട്ടുവെങ്കിലും ആരും ഇദ്ദേഹത്തിനെതിരെ രംഗത്തുവന്നില്ല. ഇതിനിടെ കലക്ടര്‍ ബേബറിന്റെ സൈന്യത്തെ കീഴടക്കിയത് ബ്രിട്ടീഷ് ക്യാമ്പുകളെ വിറപ്പിച്ചു.
ഇതേ സമയത്തായിരുന്നു വയനാടന്‍ മലകളില്‍ പഴശ്ശി രാജയുടെ ഒളിപ്പോരാട്ടങ്ങള്‍ നടന്നിരുന്നത്. ഉണ്ണിമൂസ ഇവരുമായി ചേര്‍ന്ന് അന്തിമ സമരത്തിന് തയാറായി. എന്നാല്‍ അധിക കാലം പിടിച്ചു നില്‍ക്കാന്‍ കഴിഞ്ഞില്ല.1802 ജൂണില്‍ ക്യാപ്റ്റന്‍ വാട്‌സണുമായുള്ള പോരാട്ടത്തില്‍ രക്തസാക്ഷിയായി.